药剂学科最早建立于二十世纪五十年代，药剂学系建立于1996年，由原来的药剂学、物理药学、分析与药物分析化学研究室组成，魏树礼教授任系主任，1999年由张强教授任系主任，2003年重新调整后由药剂学和物理化学两个研究室组成。现任系主任为卢炜教授，系副主任为吕万良教授（兼），党支部书记由齐宪荣教授担任。

 药剂学系拥有一支高素质的科研教学队伍。全系目前有教职员17 名，包括7名教授、1名特聘研究员、5名副教授。药剂学系先后涌现出一批杰出学者，如王鸿辰、刘崇悌、魏树礼、侯新朴和庞贻慧教授等，具有很高的学术造诣和声望。

药剂学系开设了本科生，硕士和博士研究生课程共20 门次，以药剂学，生物药剂学与药物动力学，物理化学为主要代表。作为全院一级学科授予权单位和博士后流动站的组成部分，药剂学系可招收药剂学硕士、博士研究生以及博士后研究人员，已形成了较完整的现代药剂学的教学体系。

药剂学系的科学研究分为分子药剂学（生物技术药物的新型给药系统，纳米粒、脂质体、微球和微乳为主的载体给药系统），群体药物动力学（模型化与仿真）和物理药学等三个主要方向，相关研究在国内、外产生重要影响。目前承担973计划、药剂单元平台、国家自然科学基金项目（包括重大项目、重点项目和面上项目）、863 计划、北京市自然科学基金（重点项目和面上项目）等国家和部委级科研项目与课题，近年发表SCI 收录学术论文近200篇，发表在J Control Release、Mol Pharmaceutics、Biomaterials、Nanomedicine 等药剂学科高水平期刊杂志上，SCI 引用率国内领先；获得省部级科研和教学成果奖20余项，完成国家级科研任务近30项。“ 药剂学与生物药剂学科研究室” 进入了北京大学“211 工程” 重点建设项目，药剂学科为全国二个长江计划特聘岗位的药剂学科之一。

2015年，分子药剂学与新释药系统北京市重点实验室通过认定，该北京市重点实验室依托北京大学药剂学科，由张强教授担任实验室主任、吕万良教授和戴志飞教授（工学院）担任实验室副主任。实验室确定两个主要研究方向：在分子药剂学方面，主要针对药剂学领域前沿和重大科学问题，开展应用基础研究；在新释药系统方面，主要针对药剂学领域共性关键技术，开展应用转化研究。“分子药剂学与新释药系统北京市重点实验室”的认定将为药学院多学科全面发展提供更好的平台和发展机遇，更有利于推动科学和技术进步, 特别是促进药剂学科发展，使北京市在此领域保持国际先进水平，对医药行业发挥引领作用。